Aunis Atlantique bénéficie d’un environnement privilégié. Sa façade littorale et son appartenance au Parc Naturel Régional du Marais Poitevin apportent au territoire une richesse paysagère et un écosystème remarquables. L’eau est très présente grâce à la Sèvre Niortaise au nord, mais aussi par les multiples canaux et rivières qui sillonnent le territoire.

L’intercommunalité contribue à la protection et à la valorisation de ces espaces naturels en menant différentes actions en faveur de la biodiversité.

La collectivité assure également la gestion du Centre nature, labellisé Pôle-Nature du Marais poitevin à Taugon, une structure d’éducation à l’environnement.